Badania dotyczące osadnictwa we wczesnym średniowieczu na obszarze ziemi chełmińskiej wykazały, że okolice Torunia zamieszkiwały plemiona Goplan. Już w VII wieku odnajdujemy ślady ich bytności. Do połowy X wieku osadnictwo Goplan rozwijało się tu stosunkowo nierównomiernie, jednakże już od połowy X wieku możemy stwierdzić o istnieniu w tym rejonie i całej ziemi chełmińskiej jednostek terytorialnych. Posiadały one charakter nieufortyfikowanych bądź warownych osiedli. Prawdopodobnie taka ufortyfikowana osada powstała w miejscu dzisiejszych ruin zamku krzyżackiego. W związku z tym, że w X wieku zmieniła się funkcja ośrodków osadniczych i że w miejscach o znaczeniu strategicznym, zaczęto budować grody, osada ta przekształciła się w niedługim czasie w warownię obronną. Powstaniu grodu towarzyszyło kształtowanie się wczesnofeudalnej monarchii polskiej. Gród ten wg Jadwigi Chudziakowej, która prowadziła badania archeologiczne na terenie zamku krzyżackiego w latach pięćdziesiątych i sześćdziesiątych, stał na wzniesieniu i istniał na pewno w X wieku.

Zakon Szpitala Najświętszej Marii Panny Domu Niemieckiego pojawił się w okolicach dzisiejszego Torunia prawdopodobnie na początku 1228 roku. Niewielka grupa pod dowództwem Filipa z Halle licząca dwóch braci zakonnych, którym towarzyszył oddział knechtów obsadziła gród zwany w tradycji krzyżackiej Vogelsang (Ptasi Śpiew). Ów gród leżał na lewym brzegu Wisły naprzeciw dzisiejszych reliktów zamku krzyżackiego. Wiosną 1230 roku przybyła druga grupa braci zakonnych i połączywszy się z oddziałem Filipa z Halle pod przewodnictwem Hermana von Balka zajęła gród w Nieszawie. Warownia ta została oddana braciom zakonnym przez księcia Konrada Mazowieckiego. Leżała naprzeciw dzisiejszej miejscowości Stary Toruń. W Nieszawie przebywało siedmiu braci – taką liczbę podaje kronikarz krzyżacki Piotr z Dusburga. Z Nieszawy w roku 1231 Krzyżacy przeszli na drugi brzeg Wisły przez istniejącą w tym miejscu przeprawę i rozpoczęli budowę swojej pierwszej siedziby na ziemi chełmińskiej (dzisiaj miejscowość Stary Toruń).

W roku 1454 w wyniku szeregu przyczyn polityczno-gospodarczych rozpoczęła się wojna trzynastoletnia, której celem stało się przyłączenie do Korony Polskiej ziem zakonu krzyżackiego. Na początku lutego tegoż roku Tajna Rada Związku Pruskiego podjęła decyzję o wypowiedzeniu posłuszeństwa władzy krzyżackiej i poddaniu się Polsce. Efektem tej decyzji, w większości miast państwa zakonnego, wybuchły bunty mieszczan. Ośrodki władzy w miastach czyli zamki opanowano i zniszczono. Toruń, jako pierwsze z miast, wszczął bunt i już 7 lutego 1454 roku mieszczanie toruńscy podjęli atak na zamek. Niestety nie przyniósł on żadnych rezultatów. Po nieudanym szturmie rozpoczęło się oblężenie i ostrzał zamku od strony Wisły oraz Starego, Nowego Miasta i tzw. wolnizny zamkowej. Nie wyrządził on Krzyżakom praktycznie żadnej szkody, co prawdy wybuchły pożary na przedzamczu, ale wywołali je sami bracia zakonni.

Po zniszczeniach dokonanych w 1454 roku teren zamku ulegał ciągłym przebudowom. Od strony zachodniej, prawdopodobnie krótko po zburzeniu zamku powstała tzw. Fosa Strzelecka. Nazwa wzięła się od nadania mieszczanom zezwolenia wydanego przez króla Kazimierza Jagiellończyka używania Fosy do ćwiczeń strzeleckich (funkcjonowała ona jako strzelnica aż do 1906 roku). W 1484 roku wykorzystując bliżej nieokreślone budynki w narożu południowo-zachodnim powstał Dwór Bractwa Św. Jerzego zwany też Dworem Mieszczańskim (zachował się do naszych czasów). Ów Dwór wzniesiony został z rozbiórkowej cegły zamkowej. Po roku 1454 na tzw. obniżeniu północnym funkcjonowały nadal dwa młyny Górny i Dolny. Dolny stał się w XVII wieku siedzibą królewskiej mennicy. W latach 1588-1589 pozostałości murów zamkowych zinwentaryzował Fryderyk Vroom i przedstawił opinię na temat wykorzystania ich w systemie obronnym Torunia.