Sobór w Konstancji, który odbył się kilka lat po bitwie Grunwaldzkiej był wielkim wydarzeniem w ówczesnej Europie. Polska, ustami rektora Akademii Krakowskiej – Pawła Włodkowica przedstawiła własne stanowisko i uzyskała częściowe zrozumienie dla swoich racji w konflikcie z Krzyżakami. Niestety triumf był tylko prestiżowy, nowy papież unieważnił korzystne dla korony bulle i zatwierdził wszystkie nadania, jakie do tej pory otrzymał zakon. W tym czasie w Prusach narastał bunt. Krzyżacy byli doskonałymi organizatorami, rozwijali nowoczesne osadnictwo wiejskie i wybudowali aż 93 miasta. Dbali o rozwój handlu, ich poddani sprzeciwiali się jednak tak bezwzględnemu traktowaniu, jak i finansowemu ciemiężeniu. Zakonspirowana opozycja zaczęła działać pod nazwą „Związek jaszczurczy”, a z czasem przerodziła się w Związek Pruski; główną rolę odgrywały w nim miasta: Gdańsk, Toruń i Chełmno oraz średnia szlachta.
Działania związku doprowadziły do wybuchu wojny, która zmieniła losy Państwa Krzyżackiego. Iskrą zapalną było powstanie antykrzyżackie, które wybuchło w 1454 roku na terenach pruskich. Związek pruski zwrócił się do Kazimierza Jagiellończyka z prośbą o przyłączenie Prus do Korony. Miesiąc później król Polski dokonał aktu inkorporacji; rzecz jasna oznaczało to wojnę. Trwała ona 13 lat, a pomimo początkowych niepowodzeń wygrali ją Polacy. O zwycięstwie Korony Polskiej przesądziła m.in. pomoc bogatych miast pruskich, które częściowo finansowały armię i flotę. Doskonale zorganizowane przez mieszczan oddziały szybko pozbywały się znienawidzonych krzyżackich załóg z miast i warowni. Tak stało się też w Toruniu. Król na mocy pokoju podpisanego w Toruniu odebrał zagrabione Polsce ziemie, w tym przede wszystkim Pomorze, a pozostałe pozostawił Krzyżakom, ale już tylko jako lenno.