Podział budowy na etapy podyktowany był względami praktycznymi. Największą wagę przywiązywano do obronności, dlatego jako pierwszy powstał mur obwodowy, w który włączono pozostałości wcześniejszych budowli.
Pierwsze ceglane mury obwodowe pochodzą prawdopodobnie z lat 50. XIII w. W tym czasie rozpoczęto też wznoszenie skrzydła południowego zamku od strony Wisły. Najwcześniej zbudowano kaplicę, czyli najważniejsze pomieszczenie każdego zamku konwentualnego. Do czasu wzniesienia dormitorium i refektarza życie zakonne skupiało się zapewne w zbudowanych tymczasowo pomieszczeniach drewnianych – jak to bywało w wielu zamkach krzyżackich w trakcie ich budowy. Prawdopodobnie po wzniesieniu skrzydła południowego, ale przed przystąpieniem do budowy skrzydła wschodniego, powstała ośmioboczna wieża na dziedzińcu.
O tej kolejności również zdecydowały względy obronności. Potem przyszła kolej na skrzydło wschodnie z kapitularzem, czyli najbardziej reprezentacyjną, świecką salą zamku posiadającą specjalne wygody w postaci ogrzewania. Wówczas też wybudowano gdanisko odpowiadające wysokim standardom zamku komturskiego umieszczone w pobliżu kapitularza. Następnie powstała komnata i izba uznawane za prywatne pomieszczenia komtura, a potem krużganki na piętrze oparte na podcieniach parteru, które usprawniały komunikacje w zamku na piętrze i stanowiły element dekoracyjny.